Nel 1987 è scaduta la concessione, durata 70 anni, di gestione delle acque da parte della SLI. I danni causati all'ambiente, all'economia turistica, alle spiagge, alla pesca, al paesaggio, sono stati così pesanti che con nota n. TB/227 del 9/10/1991 il Ministero dei Lavori Pubblici conferisce mandato all'Autorità di Bacino del fiume Po di approfondire la problematica relativa alla regolazione del lago d'Idro.

Con Delibera n. 7 del 06/08/92 il Comitato Istituzionale conferisce mandato alla segreteria tecnica dell'Autorità di Bacino di definire l'insieme delle regole con l'indicazione precisa di razionalizzare l'uso dell'acqua, il recupero e la valorizzazione delle caratteristiche naturalistiche ed ambientali del lago d'Idro e del fiume Chiese.

Nel notiziario dell’Autorità di Bacino del Fiume Po – Anno II – n. 3 maggio-luglio 1993 è pubblicato il Programma di gestione del lago d’Idro, documento base delle decisioni prese successivamente.
E’ possibile consultare questo efficace documento: Programma di gestione.pdf

Da ciò sortisce la delibera n. 9/93 che fra l'altro prevede un periodo di sperimentazione e le relative modalità di conduzione e dimostra la necessità e utilità di un soggetto gestore pubblico nel quale siano rappresentati tutti gli interessi legati alla regolazione lacuale.

L'escursione ammissibile viene dimezzata: il fabbisogno di acqua dell'agricoltura è assolutamente inferiore ai prelievi fatti sino a quel momento.

La deliberazione n. 9/93 è stata impugnata con ricorso dai vari consorzi irrigui avanti il Tribunale Superiore delle Acque Pubbliche con ricorso del 10/01/94 per ottenerne l'annullamento. Ricorso respinto dal tribunale con ordinanza 07/03/94.

Il Consorzio di Bonifica del Medio Chiese ricorre ulteriormente in data 28/09/99 per l'annullamento della Delibera n. 5 dell'11/05/99 dell'Autorità di Bacino che decide di prorogare i periodi di sperimentazione.

Anziché giungere a una coerentemente risoluzione del problema nel 2001 la competenza per il rilascio della concessione della gestione delle acque del lago d'Idro è stata affidata alla Regione Lombardia. La Regione Lombardia ha emanato un regolamento provvisorio che non garantisce il deflusso minimo vitale e rinnovato di anno in anno la concessone a vari soggetti finché il 22 settembre 2004, presso il Comune di Idro, ha aperto l'istruttoria per la gestione delle acque del lago.
I contendenti sono 4, (3 consorzi irrigui e la Comunità Montana di Valle Sabbia), tutti inadeguati secondo le disposizioni dell'Autorità di Bacino in quanto l'ente gestore dovrebbe essere un ente eterogeneo, rappresentato in modo paritario da tutti i soggetti coinvolti), ma certamente l'unico super partnes, che non vuole accaparrarsi la gestione del lago per interesse economico e può tutelare i diritti ambientali e le comunità lacustri è la Comunità Montana di Valle Sabbia.