Le origini del lago d'Idro risalgono alle glaciazioni del periodo quaternario.
Un progressivo cambiamento del clima terrestre, divenuto più rigido, avrebbe infatti provocato circa 700.000 anni fa la lenta espansione di enormi calotte di ghiaccio che, scendendo da nord, giunsero a ricoprire gran parte dell'Europa e dell'Italia settentrionale. In realtà questo non fu che l'ultimo episodio di un processo durato oltre 70 milioni di anni. Durante l'era terziaria, infatti, fenomeni orogenetici avevano dato origine al sistema montuoso alpino, mentre l'azione erosiva dei fiumi aveva successivamente scavato profondi solchi vallivi. Fra questi anche quello percorso dal fiume Chiese, il quale doveva scorrere parecchie decine di metri al di sotto del livello attuale.

Furono però i ghiacci dell'era quaternaria a modellare definitivamente la Valle Sabbia, dandole morfologicamente l'aspetto attuale. Per almeno quattro volte essi dovettero percorrerla, alimentati da incessanti precipitazioni nevose. Poiché il limite delle nevi perenni, oggi fissato intorno ai 2.800-3.000 metri di altitudine, scendeva allora fino a circa 1500 metri, gran pane delle cime valsabbine era permanentemente ricoperta da enormi quantità di ghiaccio e neve. A giudizio di alcuni però, delle quattro successive glaciazioni (denominate Günziana, Mindelliana, Rissiana e Würmiana), la prima non dovette interessare il Bresciano, arrestandosi più a nord, all'altezza di Riva del Garda. La Valle Sabbia fu tuttavia percorsa da immani quantità di acqua, fango e detriti dovute allo scioglimento dei primi ghiacciai. Ogni periodo glaciale fu infatti intervallato da una fase, della durata anche di decine di migliaia di anni, caratterizzata da un clima più mite e quindi dal ritiro dei ghiacciai. Questi lasciavano ogni volta il posto a una vegetazione via via più rigogliosa, dapprima costituita dalle formazioni tipiche della tundra, successivamente anche da alberi di alto fusto.

Durante la terza glaciazione (nel cosiddetto periodo mindelliano) il ghiacciaio del gruppo dell'Adamello-Presanella, superato il Caré Alto e il monte Fumo, dilagò nelle Giudicarie, per scendere poi ancora. All'altezza di Tione esso si congiunse con il ghiacciaio della Val Rendena (a sua volta tributario di una lingua di quello atesino), che ha lasciato traccia di sé nel masso di porfido di Ponte Caffaro (Balotù), simile per composizione alle rocce effusive della zona di Bolzano, dalla quale pare dunque provenire.

Nel tratto terminale delle Giudicarie il ghiacciaio del Chiese unitosi ancora ad una lingua di quello del Sarca penetrata attraverso la Val di Ledro, con il suo spessore di quasi mille metri scavò più a fondo il solco in cui scendeva, riuscendo nel contempo ad allargarlo, e diede così origine ad un bacino che più tardi fu occupato in parte da detriti (il Pian d'Oneda) e in parte da enormi masse d'acqua di fusione.